Zur einheimischen Tierwelt gehören verschiedene Affenarten, Jaguare, Pumas, Ameisenbären, Tapire, Gürteltiere, Wasserschweine, Ozelote sowie Reptilien wie Kaimane, Anacondas und andere Schlangenarten. Zu den zahlreichen Fischarten Paraguays gehören die Lungenfische, die sich während der Trockenzeit im Schlamm eingraben, sowie Piranhas. Es gibt zudem über 700 Vogelarten, darunter Tukane, Kolibri, Sittiche und verschiedene Papageien sowie die größten Vögel des Landes, Nandus. Zu deren Schutz wurden in Paraguay zahlreiche Nationalparks gegründet. Die größten befinden sich im bevölkerungsarmen Westteil des Landes.